Метод ПЦР (полимеразная цепная реакция) обычно не применяется для первичной диагностики. Так как он позволяет обнаружить сам вирус даже на ранних стадиях заболевания, в основном этот метод используется для определения ВИЧ-статуса новорожденных, родившихся от ВИЧ-положительных матерей, а также в службах переливания крови. Существует 2 типа ПЦР: качественный показывает наличие или отсутствие вируса в крови, количественный – его количество. Количественный ПЦР используется для определения вирусной нагрузки у пациентов с ранее диагностированной ВИЧ-инфекцией.